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首先是旧都南京。南京那一套也就是崇祯的旧制该改革的必须改革，但是朱由崧仍然让南京作为陪都。
因为他知道现在虽然通过他一年多的努力，光复了大明，恢复了崇祯时代的大明版图，只是把鞑子赶出了中原，但是内忧外患的局面并没有彻底消除，而且又多出了两个国中之国。
那就是大顺政权和大西政权，不管历史上承认不承认，这两个政权真实存在，而且是势力占去了好几个省，他们两家的军队加在一起不下百万，能征惯战的战将数千员，这对根基不牢的大明朝是很大的威胁。
朱由崧想到过一鼓作气剿灭他们，但是连年的征战，民生凋碧，老百姓生活在火热水深之中，不说别的，就粮饷这一块就是个大问题。
国库如不敷出，各地天灾人祸不断，根本无力支撑战争的巨大开销。
这一年多来，朱由崧对军阀作战对鞑子作战，靠的主要是查抄朝中和军队中的大老虎所得，还有打胜仗所得的战利品，另外他又从内帑中拿出了一部分，这样即凑合才勉强让战争支撑到现在。
如果再打下去军粮供应就这个问题。必须筹措粮饷，夏粮虽然下来了。但是除了养活朝廷和各级官僚，赈灾的都不够，从老百姓身上增加赋税粮饷，无疑是自取灭亡之道。
老百姓现在是苦不堪言，很多地方甚至出现了饥民相食的现象，再增加他们的负担，无疑于官逼民反，李自成和张献忠现在还没摆平。
对老百姓必须减阻减赋，才能取得他们的支持，但还得增加收入，这就是个矛盾，要解决这个矛盾，必须休养生息大力发展生产，另外，可以从大地主大商人身上增加赋税，但这无疑是一步险棋，必须得运筹好。
另外江南并不稳定，不说别人，海盗出身的郑芝龙就不是一个省油灯。
现在朱由崧要做的是，喘息一下，一方面休养生息，一方面加强练兵，等兵强马壮，兵精粮足时，剿灭这些流贼不在话下，他还要开疆拓土。
日后他临幸江南或者御驾亲征时，南京可以作为暂时的国都使用。
因而，朱由崧延续崇祯帝的做法，这也算是保持了明末的特色了，在南京保留了一班人马，包括太监和锦衣卫在内，只是人员编制压缩了七成，只留下三成。
让年事已高的姜日广、刘宗周和黄道周在南京从镇经营陪都，军事上留下五万大军由阎应元等江阴三公负责南京的防守，他们在编制上属于京营兵的分支，即隶属于北京的京营兵。
然后朱由崧传旨，撤销五军都督府，成立京营殿帅，负责戍守京师，京营兵编制一共十五万，其中驻守北京的十万，驻守南京的五万，成立保护皇城和宫城的御林军，员额也是五万，设指挥使一人，指挥同知一人，指挥俭事一人，御林军直接对朱由崧负责，兵部和内阁均无权调动。
仍然设六部，但政权和军权分开，从此后内阁首辅不得再兼兵部尚书，地方上文官也不得再挂武衔，这意味着结束了长达二百多年文官压制武将的局面。
自洪武大帝朱元璋立国开始，大明朝文官压制武将的祸根就种下了。
朱元璋自作聪明，在北方驱赶了蒙元，在南方消灭了南汉王陈友谅和苏州王张士诚等，将各地的武装割局势力全部消灭了。
这些武将飞鸟尽，良弓藏。现在能帮他打听一下，将来就有可能推翻他的天下，因此，朱元璋设计把跟他一块儿打天下的淮西二十四将几乎全都收拾了。
但他仍然对武将不放心，于是让文官压制武将，从此以后朝中的权势大臣全是文官，有的甚至挂武衔，真正的武将戍守边疆，但这些武将只是屯兵练兵养兵，真正打仗的时候，他们并没有兵权，调不动一兵一卒。
这便是大明朝独有特色的卫所制，战争起来的时候，皇上另行委派武官拿着圣旨令箭从卫所里调兵，打完仗以后再把这些部队归还原来的卫所。
这样做武将们的实力被大大削弱，对他的中央政权是没有威胁了。但是有利必有弊，最大的弊端便是文官压制武将也便于拉拢武将而变得骄横跋扈，结党营私，甚至跟朝廷分庭抗礼，这便是后来的党争。
党争是大明朝灭亡的原因之一。
还有一个大的弊端是，卫所制下，军纪废弛，疏于训练。导致兵员素质严重下降，以至于到明朝后期，积重难返。大明的正规军打不赢山野流贼，更打不赢关外的鞑子。每每开战，只能凭大炮或者坚成被动防守，野战根本就是没有胜算。
朱由崧作为一个穿越人，当然知道明朝的这一弊端，要改变这些，必须从制度上进行根治，因此他就对这些进行了大刀阔斧的改革。
朱由崧这样做的结果是，文官和武将平起平坐，为下一步练兵尚武做准备。
经过多日准备，一个皇权专断的大帝国呼之欲出了。
正文 第448章 弘光大帝坐北京3
公元1645年，旧历的十月初一。
北京城一片盛装，万众雀跃。
晨时，紫金城钟鼓鸣响。朱由崧升坐八宝金殿。头戴珍珠闹龙皇冠，身穿杏黄色滚龙袍，满面春风的他端坐在龙椅上。
两名宫女在身后为他打着障扇，当值太监司礼监秉笔，兼御马监掌印的李国辅，提督东厂的大太监卢九德，两名厂卫大太监头戴三山帽，一身崭新的太监服，手拿苍蝇刷旁边侍立。
满身崭新朝服的文武百官，文东武西。按照各自的职级高低，排好序列，在金撅之下，站的满满登登整整齐齐。
“吾皇万岁，万岁万万岁”
文武百官齐声山呼，金殿之上起回声。文武百官开始行施君臣大礼，最后全都整整齐齐的拜伏在他的脚下，朱由崧让众卿平身，百官起身谢恩，然后文东武西按照一定的序列整整齐齐的列立两厢，首微颔，站的恭恭敬敬听候陛下的圣训。
穿越过来一年零三个多月了，按天数计算，金天刚好是四百七十一天。
这四百七十一天太不寻常了，也太不容易了，可谓是历尽坎坷，万险千辛，才有了今天，跟重新打回江山也差不多。
那一刻朱由崧心潮起伏，思绪翻滚，他第一次找到了当帝王的感觉。
朱由崧在金殿上宣布，是年为弘光元年，国号仍为大明。册封金皇后为正宫皇后，两位巾帼英雄贺宣娇为东宫妃，马金花为西宫妃，选侍婵儿升级为美人。
然后大封文武，这些朱由崧在这一个多月中早就酝酿好了。
为了提高武将的地位，朱由崧先封武官。
擢升刘肇基为兵部尚书，刘肇